RSUD Kabupaten Indramayu dipimpin oleh satu orang Direktur yang dibantu 2 orang Wakil Direktur, 6 Kepala Bidang dan 12 Kepala Sub Bagian/Seksi dengan susunan:
- Direktur
- Wakil Direktur Pelayanan, membawahi:
- Bidang Pelayanan Medik, membawahi:
- Seksi Pengembangan Mutu Pelayanan Medik;
- Seksi Pengembangan Fasilitas Pelayanan Medik
- Bidang Penunjang Medik, membawahi:
- Seksi Pengembangan Mutu Pelayanan Penunjang Medik;
- Seksi Pengembangan Fasilitas Pelayanan Penunjang Medik
- Bidang Keperawatan, membawahi:
- Seksi Etika, Mutu dan SDM Keperawatan;
- Seksi Asuhan Keperawatan dan Pengelolaan Fasilitas Keperawatan
- Wakil Direktur Umum dan Keuangan, membawahi:
- Bagian Umum, Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan, membawahi:
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
- Sub Bagian Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan
- Bagian Program, Rekam Medik, Hukum dan Humas, membawahi:
- Sub Bagian Rekam Medik, Hukum dan Humas;
- Sub Bagian Penyusunan Program, Laporan dan Sistem Informasi dan Manajemen Rumah Sakit (SIMRS)
- Bagian Keuangan, membawahi:
- Sub Bagian Penyusunan Anggaran, Verifikasi dan Akuntansi;
- Sub Bagian Perbendaharaan dan Mobilisasi Dana
- Kelompok Jabatan Fungsional
Struktur Organisasi RSUD Kabupaten Indramayu menurut Peraturan Bupati Indramayu Nomor 26 Tahun 2011 tanggal 1 Desember 2011 tentang Tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Umum Daerah Kabuten Indramayu sebagai berikut:

