RSUD Kabupaten Indramayu dipimpin oleh satu orang Direktur yang dibantu 2 orang Wakil Direktur, 6 Kepala Bidang dan 12 Kepala Sub Bagian/Seksi dengan susunan:

• Direktur
• Wakil Direktur Pelayanan, membawahi:
  • Bidang Pelayanan Medik, membawahi:
    • Seksi Pengembangan Mutu Pelayanan Medik;
    • Seksi Pengembangan Fasilitas Pelayanan Medik
  • Bidang Penunjang Medik, membawahi:
    • Seksi Pengembangan Mutu Pelayanan Penunjang Medik;
    • Seksi Pengembangan Fasilitas Pelayanan Penunjang Medik
  • Bidang Keperawatan, membawahi:
    • Seksi Etika, Mutu dan SDM Keperawatan;
    • Seksi Asuhan Keperawatan dan Pengelolaan Fasilitas Keperawatan
• Wakil Direktur Umum dan Keuangan, membawahi:
  • Bagian Umum, Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan, membawahi:
    • Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
    • Sub Bagian Pendidikan, Penelitian dan Pengembangan
  • Bagian Program, Rekam Medik, Hukum dan Humas, membawahi:
    • Sub Bagian Rekam Medik, Hukum dan Humas;
    • Sub Bagian Penyusunan Program, Laporan dan Sistem Informasi dan Manajemen Rumah Sakit (SIMRS)
  • Bagian Keuangan, membawahi:
    • Sub Bagian Penyusunan Anggaran, Verifikasi dan Akuntansi;
    • Sub Bagian Perbendaharaan dan Mobilisasi Dana
• Kelompok Jabatan Fungsional

Struktur Organisasi RSUD Kabupaten Indramayu menurut Peraturan Bupati Indramayu Nomor 26 Tahun 2011 tanggal 1 Desember 2011 tentang Tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Umum Daerah Kabuten Indramayu sebagai berikut: